台北市政府劳动局与台湾陆委会就上海双城论坛踩线团来台名单的审批标准发生分歧。陆委会主委邱垂正宣布，在中国大陆发布"惩独22条"之后，原则禁止对岸地方台办正副主任来台。但邱垂正强调，这并非绝对禁令，如有当地台商协会推荐函、经海基会同意与背书、再经陆委会审核，仍可例外放行。
台北市政府为上海台办副主任李驍東申请来台筹备双城论坛，遭大陆委员会不予批准。该申请中的部分人员获得准许，但李驍東本人未获批准。
台北市政府原计划邀请上海市台办访团来台参加小熊猫见面会，因被陆委会认定涉及统战疑虑而未能成行。2024年台北市与上海市在双城论坛期间签署了小熊猫物种交流合作备忘录，两只小熊猫于今年6月6日凌晨抵达台北市立动物园。
台北市政府計劃邀請上海市台辦訪團來台參加小貓熊見面會，遭陸委會以統戰疑慮為由拒絕。兩隻小貓熊於2024年6月6日凌晨抵達台北市立動物園，此前台北市政府與上海市政府於2024年在雙城論壇簽署小貓熊物種交流合作備忘錄。