台北市政府劳动局与台湾陆委会就上海双城论坛踩线团来台名单的审批标准发生分歧。陆委会主委邱垂正宣布，在中国大陆发布"惩独22条"之后，原则禁止对岸地方台办正副主任来台。但邱垂正强调，这并非绝对禁令，如有当地台商协会推荐函、经海基会同意与背书、再经陆委会审核，仍可例外放行。
台北市政府計劃邀請上海市台辦訪團來台參加小貓熊見面會，遭陸委會以統戰疑慮為由拒絕。兩隻小貓熊於2024年6月6日凌晨抵達台北市立動物園，此前台北市政府與上海市政府於2024年在雙城論壇簽署小貓熊物種交流合作備忘錄。