GrapheneOS开发团队因Google在Pixel 11系列中取消ARM硬件内存标记(MTE)支持，而无法完成该机型的适配工作。MTE是一项关键的安全特性，GrapheneOS已将其广泛集成到操作系统各层，其缺失将严重削弱设备的漏洞防护能力。
Android 17 QPR1在9月15日发布后，Pixel内核驱动树出现严重性能回归。该问题表现为内存压力下的卡顿、滞后和冻结现象，甚至导致进程被杀死。GrapheneOS团队已在今日发布的版本中修复了这一问题，而谷歌的修复时间表仍不明确。
GrapheneOS项目发布了Messages应用版本13，采用Jetpack Compose和Material 3框架对应用界面进行了完整重写。此次更新重构了应用的每个屏幕，并引入了两窗格对话布局、对话置顶以及通知暂停功能，用户可选择1小时、8小时、24小时或无限期暂停通知。
亚特兰大居民Sam Tunick因其GrapheneOS手机在机场搜查过程中被清空数据而遭到联邦起诉。控方指控他违反了禁止销毁财产以防止被扣押的联邦法规。这一起诉发生在2024年1月24日的哈茨菲尔德-杰克逊亚特兰大国际机场。
GrapheneOS 在 Android 17 基础上构建了一套多层防护系统，用于防止数据从锁定设备中被非法提取。该系统包含磁盘加密、安全元素速率限制、硬件内存标记、USB 防护和自动重启计时器等防御功能。