一篇分析文章指出，智能代理编程对软件工程带来了四个主要负面影响。首先是代码质量问题，LLM生成的代码充斥低质量内容，使代码库变得令人厌恶，而这种"邋遢"特征已成为持久问题而非临时瓶颈。其次是工程师与代码的疏离，开发者不再直接接触代码，只能通过浏览代理报告了解进展，加深了工程师与代码的距离。