多项研究表明，人类肠道微生物在史前全球迁移过程中随之传播和演变。一项发表在《自然》期刊的研究追踪了古代人类跨越大陆迁徙与其肠道菌群变化的关联，揭示了微生物多样性在人类地域移动中的演变规律。研究追踪到非洲与南美洲之间的古代肠道联系，证实肠道微生物群与古代人类的全球迁移模式存在关联。
科学家正在地球最古老的岩石中搜寻17亿年前的微小化石，以阐明单细胞微生物如何演变成植物、动物等复杂生命形式的过程。真核生物至少在17亿年前就已出现，而植物和动物王国的共同祖先时间约在16亿年前。微生物在地球历史中占据了大约90%的时间，这使得对早期真核生物的研究对于理解生命演化史具有关键意义。