贵州普定穿洞遗址是一处保存完整的史前遗址，为认识古人群交流提供了系统证据。该遗址文化堆积厚达6米，人类活动连续跨度近7万年，时间范围距今约5万年至8000年，完整覆盖旧石器时代中期、晚期至新石器时代早期。
中国科学院古脊椎动物与古人类研究所与陕西省考古研究院的研究团队通过对石峁城169具古人类遗骨进行大规模核DNA分析，揭示了这一东亚早期复杂社会的人口起源与社会结构。该研究历时13年，涵盖144个无关个体的遗传信息，已于2025年发表在《自然》杂志第648卷第8094期。